Anh trai cả của bạn, đang là GYM LEADER của SOFT CITY trong GENTO REGION, đã mời mẹ và bạn đến sống tại SUN FORD TOWN. Ở đấy, bạn sẽ có con Pokemon đầu tiên để khời đầu cuộc du hành như anh bạn đã từng làm. Nhưng bạn không thể lường trước được điều gì sẽ xảy ra. Bạn sẽ bị cuốn vào cuộc chiến để cứu thế giới khỏi TEAMs LUMINOUS CENARIES và ROYAL DARKNESS cũng như từ tia sét lớn của XD001 hay có tên là Shadow Lugia...